京王線を利用する際、ビギナーのみならず慣れた通勤客ですら陥りやすい最大の落とし穴が「新宿駅の構造」です。新宿駅には地上（地下2階）の「京王線新宿駅」と、地下深く（地下5階相当）に位置する「新線新宿駅」の2系統が存在します。
新宿駅京王線乗り場案内において絶対に覚えておくべき原則は以下の通りです。
- 京王線新宿駅（本線・頭端式ホーム）：1番線〜3番線から発着。特急、急行、各駅停車など新宿始発の主要列車が頻発。初台駅・幡ヶ谷駅には行かない。
- 新線新宿駅（京王新線・島式ホーム）：4番線・5番線から発着。京王線都営新宿線直通列車、および新線経由の列車が発着。初台駅（新国立劇場・東京オペラシティ）や幡ヶ谷駅へ行く場合は必ずこちらを利用する。
公式の案内表示でも色分けされているものの、JR線や丸ノ内線からの乗り換え動線が大きく異なります。JR南改札や甲州街道改札からは京王新線口・都営新宿線口が近い一方、JR中央西改札からは本線の京王百貨店口改札へ直結しています。「初台に行こうとして本線の特急に乗ってしまい、調布までノンストップで運ばれてしまった」というトラブルは、現場で今なお頻発している典型事例です。
また、京王新線路線図は「新線新宿〜初台〜幡ヶ谷〜笹塚」のわずか4駅で構成されていますが、笹塚駅において本線と平面接続（同一ホーム乗り換え）が可能です。もし本線の各駅停車に乗ってしまった場合でも、笹塚駅で新線からやってくる都営新宿線直通列車へ階段を使わずにスイッチできます。
さらに、渋谷方面へ向かう際の要衝となるのが明大前駅です。京王井の頭線乗り換えは、京王線ホーム（2階）から階段・エスカレーターを下りて井の頭線ホーム（地下1階）へ移動する立体交差構造となっています。明大前駅では全列車が停車するため、特急から井の頭線急行（渋谷・下北沢・吉祥寺方面）への接続時間がわずか2〜3分に設定されているケースが多く、朝夕ラッシュ時は乗換通路が極めて混雑します。列車の前寄り・後ろ寄りの降車位置をあらかじめ把握しておくことが、スムーズな移動の鍵となります。
