組織の対外的な発言だけでなく、内部の資金管理を巡る金銭トラブルも過去に複数報告されています。地方の青年会議所において、数千万円規模の使途不明金や会費横領が発覚した事例はその典型です。
会員から集めた高額な年会費や事業協賛金、補助金などが管理されている口座から、事務局担当者や役職者が不正に出金し、私的に流用していたケースがありました。発覚後に対象者が除名処分となり、業務上横領の容疑で刑事告訴・逮捕に至った事例も存在します。
こうした横領問題が発生した背景には、通帳や印鑑の管理が特定の個人に一任されていたり、会計監査が単なる形式的な手続きで終わっていたりした「監査体制の甘さ」がありました。地域経済を牽引すべきリーダーの集まりでありながら、基礎的な財務ガバナンスが機能していなかった事実は、市民からの信頼を大きく失墜させる要因となりました。