2014年4月、笹井氏は都内で単独の記者会見を開きました。沈着冷静な語り口で記者の質問に一つひとつ答え、「STAP現象は非常に合理的な仮説であり、検証する価値がある」と科学者としての見解を毅然と説明した姿は強い印象を残しました。
しかし、理研の研究不正再発防止のための改革推進会議や調査委員会の報告書は、笹井氏に対して極めて厳しい判断を下しました。報告書では、笹井氏自身による研究不正（改ざん・捏造）は認められなかったものの、「指導者としての責任は重大であり、図表の妥当性を確認しなかった過失がある」と結論づけられました。
さらに、改革推進会議から「CDBの解体的な出直し」が提言されたことは、自らの情熱を注ぎ込んで築き上げた世界最先端の研究拠点を否定されたに等しく、笹井氏の精神に決定的な打撃を与えたと指摘されています。
