玉置神社が他の神社と一線を画す最大の理由は、その成立の古さと、日本の山岳信仰の原型をそのまま留めている点にあります。古文書や神社の公式伝承に記された奈良玉置神社の歴史と由緒詳細まとめを確認すると、その起源は神話の時代にまで遡ります。
初代・神武天皇が東征の途上、熊野から大和へと八咫烏に導かれて軍を進めた際、玉置山の山頂近くで皇軍を休め、十種神宝（とくさのかんだから）を鎮めて勝利を祈願したと伝えられています。その後、紀元前37年（崇神天皇61年）、天下安泰と「王城火防鎮護」「悪魔退散」を祈念して創建されたのが社殿の始まりとされています。
平安時代から鎌倉時代にかけては、修験道の開祖・役行者（役小角）や弘法大師空海をはじめとする高僧たちが大峯奥駈道の行場として重視し、霊峰・玉置山は「熊野三山の奥の宮」として朝廷から庶民に至るまで絶大な尊崇を集めました。神仏習合の時代には多数の宿坊が立ち並び、吉野と熊野を結ぶ修験道の最も過酷な難所として、数多の修験者たちが命懸けの峰入りを行ってきた歴史があります。
その信仰の根底に存在するのが、本殿から山頂へ向かう山道の中腹に位置する玉置神社玉石社と巨石信仰の経緯です。玉石社には社殿と呼ばれる建物が存在しません。地表に露出した丸みを帯びた黒い巨石（玉石）そのものが御神体として注連縄で囲まれ、直接祀られています。社殿を造営する以前の古代日本人が抱いていた、岩石や巨木に神が宿るとするアニミズム（自然崇拝）の原型が、2000年以上の時を超えて現代にそのまま息づいている稀有な遺構です。大峯修験においては、本殿に先んじてまずこの玉石社に拝礼することが古くからの掟とされています。
