物語の結末は、あまりにも唐突であり、同時に極めて象徴的であった。刃牙との死闘の最中、隙を突いた徳川寒子によって武蔵の魂は口から吸い出され、肉体から分離されたのである。真剣勝負による勝敗ではなく、「現代社会に剣豪の居場所はない」という冷徹な事実を突きつける形での退場劇となった。
この衝撃の結末に対してはファンの間で賛否が巻き起こったが、誰も殺さず、かつ武蔵の無敗の尊厳を守るための巧みな演出であったと評する声も多い。魂を失ったクローン肉体はスカイツリー地下で極低温保存され、再び目覚める時を静かに待っている。
