修士課程に進学する上で避けて通れないのが費用の問題です。大学院学費は、国公立大学か私立大学かによって大きく異なります。
・国立大学大学院：入学金（約28万2,000円）＋ 年間授業料（約53万5,800円×2年）＝ 2年間で約135万円
・私立大学大学院：入学金（約20万〜30万円）＋ 年間授業料・施設費（約80万〜150万円×2年）＝ 2年間で約180万〜330万円（理系・医療系は高額化する傾向）
これらに加え、日々の生活費や学会参加費などの研究関連費用が発生します。しかし、経済的な不安を大幅に緩和するセーフティネットとして機能しているのが、独立行政法人日本学生支援機構（JASSO）をはじめとする大学院の奨学金免除制度です。
特にJASSOの第一種奨学金（無利子）には、「特に優れた業績による返還免除」という独自の仕組みが設けられています。修士課程在学中に優れた論文発表を行ったり、学会で表彰されたり、顕著な研究成果を挙げたと大学から推薦された場合、貸与を受けた奨学金の全額または半額の返還が免除されます。大学院によっては対象枠が手厚く確保されており、努力次第で学費の実質負担を大幅に削減することが可能です。さらに、大学内のTA（ティーチング・アシスタント）やRA（リサーチ・アシスタント）として学内業務に従事し、月数万円程度の報酬を得る学生も多数存在します。
