カラオケまねきねこ新宿東南口店の料金システムは、利用する時間帯（昼・夜）と曜日（平日・週末・特別料金期間）によって明確に区分されています。基本料金は30分ごとの時間制室料と、まとまった時間滞在できるフリータイム制の2種類が基本軸です。
新宿東南口店でルームを利用する際は、室料に加えて「ワンドリンクオーダー制」または「ドリンクバー料金」のいずれかを選択します。ソフトドリンクバーには人気のソフトクリーム食べ放題が含まれるプランも用意されており、長時間の歌唱や長居を前提とする場合はドリンクバーを選んだほうがトータルでの出費を抑えられます。
都心の一等地・新宿エリアという特性上、郊外のロードサイド店舗と比較するとやや高めの価格設定に見える時間帯もありますが、新宿駅前の他社チェーンと比較すると基本室料が頭一つ抜けてリーズナブルに設定されています。最新の詳しい料金表は時期や繁忙期（年末年始・大型連休等）によって細かく変動するため、入店前に店頭のサイネージや公式アプリで確認しておくと会計時のズレを防げます。
