芦ノ湖クルーズの醍醐味は、四季折々の自然と歴史的シンボルが織りなす大パノラマです。片道航路の所要時間は海賊船・遊覧船ともに約25分〜40分（コース・経由地による）となっており、船上からは地上では決して見ることのできない角度から絶景を堪能できます。
特に見逃せないビューポイントは以下の3点です。
- 箱根神社「平和の鳥居」の水上ビュー：元箱根港付近の湖上に朱色にそびえ立つ水中鳥居。陸上からの撮影は長蛇の列となりますが、船上からは遮るもののない完璧なアングルで撮影可能です。
- 芦ノ湖越しの富士山：元箱根や箱根町港を出港し、北（桃源台・湖尻方面）へ向かう航路上、左手前方に雄大な富士山が姿を現します。空気が澄んだ午前中が最も鮮明に望めます。
- 湖畔を彩る四季のコントラスト：春の新緑、夏の深緑、秋の紅葉（例年10月下旬〜11月中旬）、冬の雪化粧した外輪山と、季節ごとに劇的な表情の変化を楽しめます。
