神社の建築様式として本殿が常設されるようになったのは、飛鳥時代から奈良時代にかけて仏教寺院の建築技術が日本へ伝来し、定着して以降のことです。それ以前の古代日本における自然崇拝（アニミズム）では、神は特定の人工物に定住するものではなく、祭りのたびに天から降り立ち、祭祀が終われば異界へと帰還する一時的な存在として捉えられていました。
その際、神が降臨するための目印や依代（よりしろ）となったのが、秀麗な円錐形をした山峰や鬱蒼とした森林、そして山中に鎮座する巨石群でした。これらは「神奈備（かんなび＝神が隠れ籠もる場所）」や「磐座（いわくら＝神が座す巨石）」と呼ばれ、古代の人々は山麓に仮設の祭壇を設け、山そのものに向かって祈りを捧げていたのです。
歴史的な文献記録を紐解くと、「神体」という概念自体は平安時代中期に成立したものの、山そのものを神体と明示する用例は江戸中期の神道家・山崎闇斎による『垂加神道初重伝』に見られる三輪山の記述などが先駆けとなりました。さらに公的な記録として1871年（明治4年）に大神神社が奈良県へ提出した口上書において、三輪山を直接「神体山」と表現したことで、近代以降の学術・行政用語としても定着していきました。
『常陸国風土記』の新治郡の条には、祖神（親神）が富士山と筑波山を訪れた際、富士山の神が「新嘗の物忌み中である」として宿泊を拒絶したために万年雪に閉ざされ、温かく迎え入れた筑波山には人々が集い歌い舞う地となったという神話が記されています。このように、古代の日本人は山々を生きた人格神や霊威そのものとして認識し、畏敬の念を捧げてきた歴史が存在します。
