愛媛県立松山南高等学校の進学実績における最大の特徴は、愛媛大学合格者数における圧倒的な占有率です。例年、現役生を中心に120名前後が合格を果たしており、県内高校の中で群を抜く実績を誇ります。さらに広島大学、岡山大学、神戸大学、九州大学、大阪大学などの難関国公立大学へも多数の合格者を輩出しています。
この強靭な合格実績を支えているのが、文部科学省から指定を受けるスーパーサイエンスハイスクール（SSH）事業の進化です。学校公式の運用体制でも明らかなように、南高校では「SSHメンター制度」を独自に構築しています。大学教授や研究者、卒業生の指導のもとで自ら研究テーマを設定し、データ分析や論文執筆を行う探究プロセスが全校的に根付いています。
近年、大学入試改革に伴い各大学で総合型選抜や学校推薦型選抜（旧AO・推薦入試）の定員が拡大しています。松山南高校の生徒は、1人1台端末を活用した高度なプレゼンテーション能力やSSH活動で培った課題解決実績を武器に、愛媛大学医学部や工学部をはじめとする推薦・総合型入試で極めて高い勝率を収めています。もちろん一般選抜を見据えた記述対策も徹底されており、推薦と一般の両輪で結果を出す仕組みが機能しています。
