かつては「刺激物であり健康への悪影響も懸念される」と考えられていた時期もあったが、国際的な評価は一変している。世界保健機関 (WHO)の専門研究機関である国際がん研究機関（IARC）は、かつてコーヒーに割り当てていた発がん性の懸念ランクを取り下げ、むしろ肝臓がんリスクを低減させる可能性を公式に言及するに至った。
日本国内においても、厚生労働省の各種保健指針やがん予防ガイドラインにおいて、食習慣改善の一環として科学的根拠に基づいた議論が続けられている。行政や専門機関が慎重な姿勢を保ちつつも、その健康効果に注目する背景には、世界最高峰の医学文献データベース「PubMed」に登録された数多くの査読付き論文による裏付けが存在する。
PubMed上で公開されている複数のメタアナリシス（過去の膨大な研究を集約・再解析した研究）でも、地域や人種を問わず、コーヒー摂取が肝機能酵素（ASTやALT、γ-GTP）の数値を改善し、慢性肝疾患の悪化を防ぐという一貫したデータが示されている。
