花粉症のメカニズムは、スギやヒノキなどの花粉が鼻粘膜の受容体に付着し、肥満細胞からヒスタミンやロイコトリエンが放出されることで局所的なアレルギー性炎症が引き起こされる現象です。鼻うがいは、抗原（花粉）が粘膜に結合して炎症性サイトカインを放出する前に物理的に洗い流すため、根本的な抗原曝露量を激減させるアプローチとして医学的にも推奨されています。
それにもかかわらず「鼻うがいは逆効果」「痛くて続けられない」という声が上がる背景には、明確な生理学的理由が存在します。
鼻の粘膜表面には、異物を外へ排泄するための微細な「線毛」と、粘膜を保護する粘液層が存在します。不適切な方法で頻回に洗浄を行うと、この天然のバリア機能である粘液層まで削ぎ落としてしまい、かえってアレルゲンが直接露出した細胞に付着しやすくなります。これが「逆効果」と感じる最大のからくりです。また、浸透圧と温度の差を無視した洗浄液を用いると、三叉神経終末を直接刺激してプールの水が入った時のような強烈な刺激痛を誘発します。
