遠藤家の家族構成は、遠藤保仁氏、妻・貴子さん、そして2男2女の子供4人からなる6人家族です。トップアスリートとして日本中を飛び回りながらも、遠藤氏は子煩悩な父親として知られてきました。
特に注目を集めているのが、長男の歩仁(あゆと)さんです。幼少期からボールを蹴り始め、ガンバ大阪のユース組織などに所属。父と同じピッチの上で技術を磨き、大学サッカーの舞台でも活躍を見せています。「偉大な父の息子」というプレッシャーを背負いながらも、自分自身のプレースタイルを確立しようと努力を続ける姿は、ユース取材陣の間でも度々話題にのぼります。
遠藤氏は自著やインタビューで、子育てについて「無理にサッカーをやらせるつもりはなかった。自分が楽しいと思えることに全力を尽くしてほしい」と語っており、子供たちの自主性を最大限に尊重する方針を夫婦で貫いています。