オーダー構築において最大の論点となるのが、「12球団オーダー」と「純正オーダー」の選択です。結論から言えば、現在のゲームバランスにおいて両者の強みは明確に分かれており、プレイスタイルや課金状況に応じた最適解が存在します。
各球団の主力・看板選手を惜しみなく投入できるプロスピA 12球団オーダーは、ポジションごとの穴を作りにくく、リアタイとリーグ戦の双方で高水準の戦力を維持できる柔軟性が強みです。一方で、同球団の選手のみで固める純正オーダーは、球団別コンボ（極・球団魂）による圧倒的なスピリッツ補正とステータス上昇の恩恵を受けられます。
特に純正オーダーおすすめ球団として筆頭に挙げられるのは、現役選手のステータスが充実している福岡ソフトバンクホークスや読売ジャイアンツ、投手陣の層が厚いオリックス・バファローズ、野手陣の破壊力が際立つ阪神タイガースです。これらの球団はTS（タイムスリップ）やOB選手の補強枠が強力で、自チーム確定スカウトを活用することで狙った選手をピンポイントで揃えやすいメリットがあります。
