後藤組の心臓部として威容を誇っていたのが、静岡県富士宮市に構えられていた広大な本部事務所です。重厚な門扉と強固な監視カメラ網に囲まれたその建物は、長年にわたり地元住民や警察当局にとって強い緊張感の源となっていました。
組織解散後、富士宮市の本部事務所は程なくして閉鎖され、警察当局の監視のもとで売却・解体作業が進められました。かつて黒塗りの高級車が列をなした本拠地跡地は更地となり、現在では当時の物々しい面影は完全に払拭されています。近隣住民にとっても、日常を脅かしていた重圧が消え去った象徴的な出来事となりました。
一方、解散に伴い行き場を失った組織の地盤と組員たちは、後藤組の歴代幹部たちによって分割・継承されました。後藤組で若頭を務めていた良知政彦氏が率いる良知組（のちに二代目良知組）と、舎弟頭を務めていた塚本修正氏が率いる藤友会の2組織が、それぞれ六代目山口組の直参へと昇格。かつての武闘派集団の勢力は2つの系統に分断され、六代目体制の傘下として再編される道を歩むことになりました。
