進路指導における市ケ尾高校の大きな特色は、私立大学難関グループ（GMARCH）への圧倒的な合格実績と、手厚い指定校推薦枠の存在です。
学校が公表している公式進路データによると、明治大学、青山学院大学、立教大学、中央大学、法政大学への合格者数は毎年上位を占め、延べ合格者数は200名〜300名前後に達する年度もあります。また、成蹊大学、成城大学、明治学院大学といった上位私立大学や、日本大学・東洋大学・専修大学などの日東駒専グループにも手堅い合格層を形成しています。
さらに見逃せないのが指定校推薦枠の充実ぶりです。長年の伝統と卒業生の大学での活躍が評価され、青山学院大学や中央大学、法政大学、学習院大学などの主要学部から多数の推薦枠が割り振られています。校内選考を勝ち抜くために1年次から定期テストで高評価をキープし、推薦ルートで早期に第一志望を掴み取る生徒も少なくありません。
国公立大学進学に関しても、横浜国立大学、横浜市立大学、首都大学東京（東京都立大学）などへ毎年一定数の合格者を出しており、一般入試で粘り強く戦う生徒を支える補習体制や進路相談の手厚さも高く評価されています。
