どれほど強力なSSランク魔導士を所持していても、シナジーを無視した編成では高難度ボス戦やPvPで勝利を収めることはできません。現環境で高い勝率を維持している上位プレイヤーの構築パターンを分析すると、明確な編成テンプレートが存在します。
もっとも汎用性が高く推奨されるのは「メインアタッカー1名＋サブアタッカー/デバッファー1名＋バッファー1名＋ヒーラー/タンク1名」の構成です。たとえば、ナツの火力を最大限に引き出す場合、初手でウェンディが全体速度・攻撃バフを付与し、続けてグレイが敵全体に氷結デバフ（防御力低下および行動制限）を付与。デバフが重なった敵陣へナツの全体奥義を叩き込むことで、1ターンキルまたは敵戦力を壊滅状態に追い込むコンボが成立します。
また、耐久型のギミックボスに対しては、エルザを前衛に配置して敵のヘイトを集めつつ、後方から持続ダメージと割合削りを仕掛けるコントロール編成が極めて有効です。手持ちの魔導士のスキル発動順（行動速度調整）を緻密に計算することが、魔導士クロニクル 最強パーティー編成を完成させる最大の秘訣です。
