医療機関に到着後、確定診断のために行われるのが腰椎穿刺（ようついせんし）による髄液検査です。背骨の間に細い針を刺して脳脊髄液を採取し、以下の基準で状態を判定します。
正常な髄液は水のように無色透明ですが、細菌性髄膜炎では白血球（特に好中球）が急増して白く濁った状態になり、糖の数値が著しく低下（血糖値の半分以下）します。一方、ウイルス性の場合はリンパ球が主体で透明感を保ち、糖の消費もほぼ見られません。
【治療と入院の流れ】
細菌性と判断、あるいは疑われた場合、即座に入院となり、広域抗菌薬（カルバペネム系や第3世代セファロスポリン系）を点滴静注します。脳の炎症性浮腫を抑えるためにデキサメタゾン（ステロイド）の先行投与を行うのが標準的です。入院期間は細菌性で最低2〜4週間、ウイルス性で約7〜14日となります。
早期に適切な治療を受けられなかった場合、退院後も後遺症（感音性難聴、水頭症、てんかん発作、運動麻痺、記憶障害などの高次脳機能障害）が残るリスクが上がります。特に乳幼児や高齢者では、炎症による内耳障害から不可逆的な聴覚障害を残すケースが多いため、定期的な聴力検査と神経学的フォローアップが欠かせません。
