刑事事件における収容施設を理解する上で、まず整理すべきは留置所・拘置所・刑務所の3者関係です。これらは法律上の根拠も、被収容者の身分も明確に切り分けられています。
留置所（正式名称：留置施設）は各警察署の内部に設置されており、都道府県警察が管理・運営しています。収容されるのは主に逮捕直後の被疑者であり、警察が捜査や取り調べを迅速に進めるための身柄拘束場所としての性格を強く持ちます。
対して拘置所は、法務省矯正局が管轄する独立した国の刑事施設です。ここに収容されるのは、原則として検察官によって起訴された被告人（未決拘禁者）や、逃亡・証拠隠滅の恐れがある重大事件の被疑者です。捜査機関である警察の手から離れ、中立的な司法機関である裁判所での公判に備えるための施設として位置付けられています。
そして刑務所は、裁判で有罪判決が確定した「既決囚」が刑罰に服する場所です。2026年6月の改正刑法施行に伴い、従来の懲役刑と禁錮刑が一元化された拘禁刑が本格稼働していますが、刑務所は受刑者の改善更生と社会復帰を目的とするのに対し、留置所と拘置所は判決前の「無罪の推定」を受ける立場の人間の逃亡・罪証隠滅を防ぐ「未決勾留」の場であるという点が決定的に異なります。
なぜ本来は別個であるはずの警察署内に未決拘禁者を長期収容するのかといえば、明治期から続く代用監獄制度（刑事収容施設法上の代用留置施設）が存続しているためです。全国各地に拘置所を新設するコストを抑え、捜査効率を優先してきた歴史的経緯が、警察署内に留置所が存在する根本的な理由となっています。
