オーストラリアンシェパードの毛並みは、密生した下毛（アンダーコート）と撥水性のある上毛（オーバーコート）からなるダブルコートです。そのため抜け毛の量は非常に多く、特に春と秋の換毛期には驚くほどの量の毛が抜けます。
日頃の手入れとしては、週に3〜4回、換毛期には毎日のピンブラシやスリッカーブラシを使ったコーミングが必須です。毛玉を防ぎ、皮膚の通気性を保つことが皮膚病予防につながります。また、トリミング犬種ではないため全身を短く刈り上げる必要はありませんが、足裏の飾り毛のカットやお尻周りの衛生管理は定期的に行う必要があります。
平均寿命はおよそ12〜15年と、中型犬としては比較的長寿な部類に入ります。しかし、本犬種特有の健康リスクとして以下の点に注意しなければなりません。
- MDR1遺伝子変異：薬物代謝に関わる遺伝子の欠損。フィラリア予防薬に含まれるイベルメクチンや特定の麻酔薬・下痢止めなどで重篤な神経毒性を引き起こすリスクがあるため、事前の遺伝子検査が強く推奨されます。
- コリー眼異常（CEA）および白内障：網膜や脈絡膜の先天性異常。定期的な眼科検診が欠かせません。
- 股関節形成不全：大型寄りの体重を支える関節の異常。成長期の過度な激しい運動や肥満を防ぐ体重管理が重要です。
