近年主流となっているエコカーや先進車両の場合、標準的なガソリン車よりも交換難易度が高く、特殊な設定作業が必要になるため工賃が加算されます。
特にアイドリングストップ車のバッテリー交換費用には注意が必要です。アイドリングストップ車は、バッテリーの積算電流値を車両のECU（電子制御ユニット）が常時モニタリングしています。新品に交換した際、専用の診断機（OBD-IIスキャンツール）を接続して「積算リセット」を行わないと、車両がバッテリーの劣化状態を引きずり、アイドリングストップ機能が正常に作動しなくなります。このリセット作業工賃を含めると、持ち込み工賃は3,300円〜5,500円（税込）程度が相場となります。
また、ハイブリッド車のバッテリー持ち込み交換（補機バッテリー）についても特別な配慮が必要です。補機バッテリーはトランクルーム内や後部座席下など密閉空間に設置されていることが多く、車外へ水素ガスを逃がす排気ホースの確実な接続が必須となります。さらに車内スペースの分解・復元作業が発生するため、持ち込み時の作業工賃は4,400円〜6,600円（税込）程度に設定されるケースが一般的です。
