週末や大型連休（GW・お盆・秋の行楽期）に訪れる際、最大の関門となるのが駐車場の満車と周辺道路の渋滞です。園には約1,000台収容可能な有料駐車場（普通車1回620円）が整備されていますが、晴天の土日祝日は午前10時30分を過ぎると満車状態になり、日本平パークウェイへ続くアプローチ道路で激しい入場待ちが発生します。
車でアクセスする場合、「開園時刻（午前9時）直前の8時45分頃に現地到着する」か、午前中の退園者が出始める「午後13時30分以降を狙う」の2択が最も有効な混雑回避ルートです。
渋滞のストレスを完全に回避したい場合は、公共交通機関の利用が推奨されます。JR静岡駅北口（11番乗り場）またはJR東静岡駅南口から「しずてつジャストライン（日本平線）」の路線バスに乗車し、「日本平動物園」停留所で下車すれば、専用エントランスのすぐそばまでスムーズにアクセス可能です。所要時間は静岡駅から約20分〜30分程度となっています。
