高校から洛南へ進学する受験生や保護者が最も懸念するのが、中学校から進学してきた内部生（内進生）と高校から入学した外部生（高入生）の学力格差や関係性です。
入学直後の1年次は、カリキュラムの進度が大きく異なるため内部生と外部生は完全に別クラスで授業を受けます。内部生が中学3年間で高校1年〜2年レベルの数学・英語を既に修了しているのに対し、高入生は1年間で猛烈なスピードで未習範囲をカバーします。当時の卒業生の手記や保護者の証言によると、「高校1年次の授業スピードと課題量は想像以上だったが、長期休暇の補講や熱心な個別指導によって高2進級時には十分に追いつけた」という声が多数を占めます。
高校2年次からは志望進路や学力に応じて文系・理系の再編が行われ、一部の選抜クラスを除いて内部生と外部生が本格的に合流します。互いに異なるバックグラウンドを持つ生徒同士が刺激し合う環境が整っており、部活動や学校行事を通じて自然な融和が進むのが現在の現場の実態です。
