開邦高校の入試難易度は、沖縄県内の高校受験界において最上位に位置付けられています。現在設置されているのは、従来の理数科と英語科を統合・発展させた学術探究科と、音楽および美術・工芸を専門的に学ぶ芸術科の2学科です。
大手進学塾の模試データおよび県立高校入試統計によると、2026年時点の学術探究科の偏差値は68〜69を記録しており、県内公立高校では群を抜く難易度を誇ります。これに対し、芸術科の偏差値は52〜54前後で推移していますが、実技検査（デッサンや専攻楽器の演奏など）の配点比率が極めて高く、学科試験の偏差値だけでは測れない専門的な実力と事前の対策が不可欠です。
開邦中学校からの内部進学枠（約40名）があるため、高校入試における外部募集定員は絞り込まれており、一般入試倍率は毎年のように1.3倍〜1.6倍台の高倍率を記録しています。推薦入試に至っては2倍を超える激戦となる年もあり、沖縄県立入試特有の調査書（内申点）と学力検査の双方で一切の妥協が許されない超難関入試となっています。
