沖縄の暴力団史を語る上で欠かせないもう一つの焦点が、国内最大組織である六代目山口組との距離感です。
歴史的に見ると、山口組は昭和40年代から幾度となく沖縄進出を試みてきました。田岡一雄三代目組長の時代には、沖縄抗争の火種に乗じる形で菅谷組幹部らが沖縄入りし、いわゆる「第3次沖縄抗争」の引き金を引きました。山原派の残党を抱き込んで拠点を築こうとした本土ヤクザに対し、沖縄の愚連隊出身者たちは強烈な拒絶反応を示し、凄惨なゲリラ戦で本土進出を撃退したという自負が旭琉会の根底には存在します。
現在における旭琉会と六代目山口組の関係は、「表向きの親戚・友好関係」を維持しつつも「直参加入（系列化）は頑なに拒否する」という絶妙な均衡の上に成り立っています。旭琉会のトップや幹部は、六代目山口組の慶弔事には義理参列を行っており、儀礼的な親交は絶やしていません。
しかし、捜査関係者の間では「水面下の侵食」が常に警戒されています。旭琉会の構成員数が100人規模まで減少した現在、資金力に勝る本土系組織が、沖縄のリゾート開発利権、繁華街の闇ビジネス、あるいは特殊詐欺グループとのパイプを通じて、旭琉会幹部を個別に懐柔しようとする動きが水面下で観測されています。「組織としての合流」こそ拒絶しているものの、経済的な依存度が強まれば、実質的に本土組織の下請け化しかねないという危うさを常に孕んでいるのが現実です。
