靖国神社の前身は、1869年（明治2年）に明治天皇の命によって創建された「東京招魂社」に遡ります。そのため、靖国神社の祭神一覧には、太平洋戦争時の軍人だけでなく、明治維新を切り拓いた幕末の志士たちが数多く含まれています。
代表格が、土佐藩郷士の坂本龍馬と中岡慎太郎です。1867年（慶応3年）の近江屋事件で暗殺された両名は、明治政府樹立に寄与した功績から「維新殉難者」として1888年（明治21年）に靖国神社へ合祀されました。同様に、安政の大獄で露と消えた長州藩の思想家・吉田松陰や、奇兵隊を率いて倒幕の軍事的基礎を築いた高杉晋作、禁門の変で自刃した久坂玄瑞、福井藩の秀才・橋本左内らも神霊として祀られています。
近代軍人の中では、太平洋戦争劈頭の真珠湾攻撃を指揮し、1943年にブーゲンビル島上空で戦死した連合艦隊司令長官・山本五十六元帥が代表例です。前線で命を落とした高級将校は、階級の隔てなく合祀対象となりました。一方で、日露戦争の英雄である東郷平八郎元帥は1934年に満86歳で畳の上で病没（国葬）したため、戦死・公務死を前提とする靖国神社には祀られず、原宿の東郷神社に単独の神として祀られています。この対比は、神社の性格を如実に示しています。
