医学教育の質を決定づける臨床現場として、キャンパスに直結する滋賀医科大学医学部附属病院の存在感は際立っています。同院は滋賀県内で唯一の「特定機能病院」に指定されており、高度急性期医療、がんゲノム医療、周産期医療、低侵襲ロボット手術（ダビンチ）などで近畿圏トップクラスの症例数を誇ります。
医学生・看護学生は、低学年次から早期体験実習で最先端の臨床現場に触れることが可能です。附属病院のカンファレンスや病棟実習では、指導医と学生が密にディスカッションを行う少人数制チュートリアルが定着。こうした濃密な臨床教育が、毎年90%を安定して超える医師国家試験合格率および看護師・保健師国家試験の合格実績を支える土台となっています。
