問題が表面化するにつれ、青ヶ島村長をはじめとする自治体トップのガバナンス能力に厳しい視線が注がれている。島唯一の行政機関である青ヶ島村役場には、被害生徒の保護者から複数回にわたり相談や改善要求が寄せられていた。しかし、返ってきたのは「集落の調和」を優先する曖昧な回答と、実効性の乏しい聞き取り調査ばかりだったという。
小規模な地方自治体ゆえに、行政と学校、そして住民の距離が近すぎる弊害がここに極まっている。教育行政の中立性が保たれず、問題を表沙汰にしたくない身内意識が優先された結果、事態の深刻化を招いた。被害者側の苦痛を放置し続けた行政対応に対し、島内外から「隠蔽体質ではないか」との批判が渦巻くのも無理はない。
