物語の主人公・高坂賢吾は、極度の潔癖症によって他人と接することができず、孤独な日々を送る青年です。プログラミングの才能を持ちながらも社会から完全にドロップアウトしていた彼の元に、ある日「不登校の女子高生と友達になってほしい」という奇妙な依頼が舞い込みます。
そうして出会ったのが、視線恐怖症を抱える少女・佐奈木ひじりでした。ヘッドホンを常に身につけ、周囲の視線を遮断して生きる彼女もまた、世界に拒絶された孤高の存在でした。互いに社会の異物として生きてきた二人は、衝突を繰り返しながらも次第に距離を縮め、やがて生まれて初めて誰かを愛する温もりを知ります。
二人でいるときだけは不思議と恐怖症の発作が和らぎ、普通の人間らしい生活を取り戻していく高坂と佐奈木。しかし、この急速な接近と心の平穏の背後には、想像を絶する科学的・生物学的な真実が潜んでいました。