ツバメの巣作りにおいて、もっとも法的なトラブルに発展しやすいのが「巣の撤去」をめぐる判断です。日本には野生生物の保全を目的とした「鳥獣の保護及び管理並びに狩猟の適正化に関する法律（鳥獣保護管理法）」が定められています。
同法第8条において、野生鳥類の捕獲や殺傷のみならず、「鳥類の卵の採取・損傷」が厳格に禁止されています。法律の適用範囲は極めて厳格であり、「卵がある巣」や「生まれたヒナがいる巣」を許可なく撤去・破壊した場合、1年以下の懲役または100万円以下の罰金という重い刑事罰の対象となります。
「自宅の敷地内だから所有者の自由だろう」という認識は法的に通用しません。自治体の許可を得ずに卵やヒナを外へ放り出したり、巣ごとゴミ箱へ捨てたりする行為は明確な違法行為にあたります。
一方で、法に触れずに撤去ができるタイミングは明確に定義されています。
第一に、「ツバメがまだ泥をペタペタと付け始めたばかりで、卵を産んでいない段階」です。この時点であれば巣として完成しておらず、卵も存在しないため、壁を掃除して泥を取り除くことは違法になりません。
第二に、「ヒナが無事に巣立ち、完全に空になった後の巣」です。空き巣になった段階で鳥獣保護の対象から外れるため、家主の判断で撤去や消毒を行っても法的な問題は生じません。
もし、糞尿被害やアレルギー等の事情によりどうしても子育て中の巣を撤去しなければならない場合は、各都道府県の野生鳥獣担当窓口（環境保全課や土木事務所など）へ事前申請を行い、「捕獲・採取許可証」の交付を受ける法的手続きを踏む必要があります。
