東京駅を利用する際、最も多くの人が混乱するのが「新幹線の運営会社による改札内構造の違い」です。東海道新幹線（名古屋・新大阪・博多方面）はJR東海、東北・山越・北陸新幹線（仙台・盛岡・新潟・金沢方面）はJR東日本が管轄しており、改札内に入ってしまうと相互の移動ができません。
【東海道新幹線を利用する場合】
在来線改札内（祭など）で買い物を済ませてから東海道新幹線改札に入るのが選択肢を広げる最善策です。しかし、すでに新幹線改札を通過してしまった場合でも、コンコース各所にある「デリカステーション」で十分な品質の弁当が手に入ります。東海道新幹線限定の「のぞみ弁当」や「東海道新幹線富士山弁当」、ジェイアール東海パッセンジャーズが誇る高品質なサンドイッチ類が充実しています。
【東北・上越・北陸新幹線を利用する場合】
JR東日本新幹線改札内には、「新幹線南乗換口」および「北乗換口」の改札内コンコースに駅弁売店が設置されています。在来線中央通路の混雑を避けたい場合は、先に新幹線改札をくぐり、改札内の「駅弁屋」売店や新幹線ホーム売店（20〜23番線）で購入する方が列の進みが圧倒的に早く、乗り遅れのリスクを大幅に低減できます。
