阿蘇や天草など熊本の広域観光や、郊外の工業団地への営業活動でレンタカーを利用する人にとって、駐車場の確保は死活問題となります。東横INN熊本駅前駐車場料金と混雑状況については、事前に厳密な計画を立てておくことが不可欠です。敷地内には立体機械式駐車場が完備されていますが、収容台数には限りがあり、完全先着順（予約不可）での案内となっています。
1泊あたりの駐車料金は1,000円前後と、熊本駅至近の相場としては非常に良心的な設定です。しかし、車高制限や車両サイズの上限が設定されているため、大型のSUVやミニバンは入庫できない場合があります。また、平日の夕方17時以降や週末は早い段階で満車になるケースが多く、敷地内に入庫できなかった場合は近隣のコインパーキングへ回る必要があります。
熊本駅周辺は近年の再開発に伴いコインパーキングが点在していますが、24時間最大料金の設定がない駐車場や、夜間打ち切り料金が高めに設定されているエリアも存在します。車でのアクセスを予定している場合は、万が一の満車時に備えて周辺の提携外パーキングの最大料金相場（1,200円〜1,800円程度）を事前に頭に入れておくのが得策です。
