光回線の契約時に「初月無料だから」「パソコンを守るために必須」と勧められることの多いフレッツ・ウイルスクリアですが、利用者の間ではフレッツ・ウイルスクリア デメリット 理由として主に3つの問題点が指摘されています。
第一の理由は、固定費としての割高感です。フレッツ・ウイルスクリアの月額料金は1契約あたり月額440円（税込）に設定されています。月単位で見ればワンコイン未満の気軽さですが、年間で5,280円、3年間使い続けると15,840円になります。市販されている総合セキュリティソフトの3年版パッケージやキャンペーン価格と比較した場合、複数台（最大3台まで）対応とはいえ、継続利用するほど割高になる料金設計です。
第二の理由は、OS標準セキュリティ（Windows Defender）の劇的な進化にあります。かつては「標準機能はおまけ程度」と見なされていたWindows標準の保護機能が、独立系セキュリティ評価機関のテストにおいて市販ソフトと肩を並べる検知率を記録し続けています。これにより、インターネット業界全体でパソコン セキュリティソフト 不要論が現実味を帯びて語られるようになりました。
第三の理由は、契約形態とライセンスの縛りです。フレッツ・ウイルスクリアはNTT東日本のフレッツ光や光コラボレーション回線に紐づくオプションであるため、回線の乗り換えやプロバイダ変更の際に手続きが煩雑化します。また、NTT西日本の「セキュリティ対策ツール」が一部プランで1台分標準提供（無料）されているのに対し、NTT東日本エリアでは必ず月額費用が発生するという地域格差もユーザーの不満要因となっています。
