対立の核心にあるのが、主著『生命の實相』の扱いと版権問題だ。全40巻に及ぶこの著作は、単なる宗教書を超えて戦後の右派運動のバイブルとされてきた。しかし現総裁の谷口雅宣は、特定の改訂や版権管理の変更を行い、旧著の出版・流通に一定の歯止めをかけようとした。これに対し「原文のまま全巻を普及させるべきだ」と唱えるグループが真っ向から異議を唱えた。
さらに不可避なのが「日本会議」との関係性の冷え込みだ。日本会議の結成には生長の家出身の政治運動家らが深く関与していたが、現教団は日本会議をはじめとする右派団体と公式に距離を置く方針を明言した。政界におけるかつての「集票マシン」であり「思想的バックボーン」であった歴史的絆は、こうして完全に断ち切られたのである。
