暴力不祥事以上に野球部の命運を決定づけたのが、母体である宗教法人「パーフェクトリバティー教団（PL教団）」の衰退と経営方針の転換です。
かつて全国に数百万人の信者を誇り、莫大な資金力で野球部を手厚く支援していた教団ですが、時代の変遷とともに信者の高齢化と急激な信者減少に直面します。教団トップ（教祖）の代替わりを経て、教団本部は従来の「スポーツを通じた知名度向上と布教」という拡大路線を大幅に見直すことになりました。
相次ぐ不祥事で教団のイメージ低下を招いた野球部は、巨額の維持費がかかる重荷とみなされるようになります。「信仰の原点回帰」を掲げる教団幹部は、野球部の特別扱いを取りやめ、スポーツ推薦枠の縮小を決定。野球界やOB会が望む抜本的な再建策はことごとく退けられ、学園側による実質的な「野球部切り捨て」へと舵が切られました。
