管轄窓口である横浜市こども青少年局の対応も後手に回った。被害保護者が横浜市役所に幾度となく直訴し、実態調査を要請したものの、当初の行政側の対応は「民間園の内部マネジメントに関与することは法的に限界がある」という指導権限の壁を盾にした消極的なものに終始した。
行政の冷淡な姿勢に絶望した保護者たちは、有志で組織を結成し、市に対して詳細な調査と情報開示を求める嘆願書を提出した。提出された資料には、園側との生々しいやり取りの録音データや医療機関による診断書が含まれており、行政が主張してきた「軽微なトラブル」という前提を根本から覆す内容だった。
山中竹春市長は定例記者会見において、一連の対応遅延について遺憾の意を表明せざるを得なくなった。市長の指示により緊急の監査チームが編成されたものの、庁内での情報共有の不備や部局間の縦割りが迅速な初動を阻んでいた事実は否定できず、市政に対する市民の視線はかつてなく険しいものとなっている。
