晩年の山根氏は、長年の喫煙や高齢に伴う体調不良と闘っていました。2026年頃から入退院を繰り返すようになり、表舞台への露出は激減。そして2026年1月31日午前0時51分、大阪市内の病院で息を引き取りました。死因は肺がん（肺癌）、享年84歳でした。
最期は愛する妻や近親者に見守られながらの静かな旅立ちだったと伝えられています。通夜・告別式は密葬として執り行われ、かつてのボクシング関係者や古くからの知人が訪れ、稀代の風雲児との別れを惜しみました。
2026年を迎えた現在、山根明という人物の評価は「スポーツガバナンスを崩壊させた独裁者」という否定的な側面と、「昭和の義理人情と剛腕で競技の普及・強化を牽引した功労者」という二面性の中で語られ続けています。彼が失脚したことで日本のアマチュアボクシング界は透明化と近代化へと舵を切ることになりましたが、その劇薬のような存在感は、現代のスポーツ界が忘れてはならない教訓そのものとなっています。
