文部科学省が所管する国立研究開発法人である海洋研究開発機構の給与体系は、独立行政法人等の役職員の給与水準公表資料に基づき、厳格かつ透明性高く管理されています。公表データによると、常勤職員の平均年収は約780万〜850万円(平均年齢42〜45歳前後)で推移しており、一般的な民間企業の平均給与を大きく上回る高水準を維持しています。
職種別の給与構造を見ると、研究職は業績評価や職位(主任研究員、上席研究員、グループリーダー等)によって大きく変動し、40代以上の管理職・上席クラスでは年収1,000万〜1,200万円に達するケースも珍しくありません。また、海洋調査船や探査船に乗船する研究員・運用技術職には、航海日数や作業環境に応じた乗船手当・航海特殊勤務手当が支給されるため、長期調査が重なる年度は額面給与が大幅に上乗せされる特徴があります。
国家公務員の給与体系をベースに設計されているため、住宅手当、扶養手当、期末・勤勉手当(ボーナス:年間約4.4〜4.5ヶ月分前後)といった各種制度が完備されています。民間大手メーカーの研究部門と比較しても遜色ない給与水準であり、研究インフラの規模を考慮すれば、日本国内の地球科学分野において最上級の待遇環境が整っています。