自動車整備の専門学校へ通う上で避けて通れないのが費用の問題です。日産愛媛自動車大学校の学費は、学科によって異なるものの、初年度の納入金はおよそ120万円〜140万円前後（入学金、授業料、施設設備費、実習費等を含む）が標準的な目安となります。これに加えて工具代や実習服代、教科書代などの諸経費が別途必要となります。
一般的な私立専門学校と比較して標準的な設定ですが、注目すべきは非常に手厚い日産愛媛自動車大学校の特待生・奨学金制度です。主な支援策として以下のような選択肢が用意されています。
特に多くの学生が活用しているのが、日産系ディーラー各社が提供する「販売会社奨学金制度」です。これは在学中の学費の一部または全額をディーラーが肩代わりし、卒業後にその販売会社で一定期間（通常3〜5年程度）勤務することで返還が免除される仕組みです。この制度を利用することで、実質的な学費負担を極限まで抑えてプロの整備士を目指すルートが確立されています。
また、日本学生支援機構（JASSO）の奨学金や高等教育の修学支援新制度（給付型奨学金・授業料等減免）の対象校でもあるため、経済的な理由で進学を諦める必要がない体制が整えられています。
