祖谷美人を訪れる前に解消しておくべき最大の誤解が、「昼食席の事前予約」に関するルールです。
ネット上の一部情報サイトでは「予約推奨」と記述されている場合がありますが、公式アナウンスおよび現場の運用実態として、一般のランチ利用（そば処）の座席予約は一切受け付けていません。店舗入り口に用意された順番待ち台帳に記帳し、案内を待つ完全来店順のシステムとなっています。「テラス席を予約したい」と電話をかけても対応不可となるため、綿密なタイムスケジュールを組む旅行者は注意が必要です。
ただし、例外となる予約枠が存在します。それが「峡谷の湯宿 祖谷美人」としての宿泊予約、および事前にコース料理を確定させた「日帰り個室会席・昼食プラン（要事前予約・料金約3,500円〜）」です。団体や記念日で確実に席を抑えたい場合は、通常のそば単品利用ではなく、個室での会席プランを予約窓口から手配するのが正式なルートとなります。
また、日帰り入浴の可否についても混同が見られます。祖谷美人は全9室すべてに信楽焼の陶器露天風呂を完備した高級隠れ湯宿であり、宿泊客のプライバシーと静寂を最優先する方針を徹底しています。そのため、大浴場のみをフラッと利用する「立ち寄り湯」は基本的に実施しておらず、温泉を満喫するには宿泊、あるいは温泉利用が付帯した日帰り専用プランの事前確認が必須となります。
