旅券発行窓口や航空会社が最も警戒を呼びかけているのが、使用する筆記具の選択ミスだ。特に、熱で消える摩擦消去型ボールペンや鉛筆で署名する行為は絶対に許されない。経年変化や機内の温度変化、あるいは審査官の確認作業時にインクが消失・変色した場合、その旅券は公文書としての効力を失う。空港のチェックインカウンターで消せるインクと見破られ、その場で搭乗拒否を言い渡された事例も記録されている。
誤字を脱字した際に修正テープや修正液を使うこと、二重線を引き直して横に書き直す行為も致命的だ。これらはすべて「公文書の改ざん」とみなされ、当該パスポートは即座に無効となる。加えて、水で滲みやすい水性ペンや、枠線を大幅にはみ出した巨大な署名も機械読み取り時のエラーを引き起こす。署名を行う際は、耐水性と耐光性を備えた黒または濃紺の油性ボールペン、あるいは水性顔料インクペンを選び、指定枠内に収まるよう慎重にペンを滑らせる必要がある。