クリスタラーは本体に加え、火・水・風・土という4つの属性を司る「クリスタル」を従えて登場します。毎ターン繰り出される苛烈な魔法攻撃の猛攻は凄まじく、生半可な対策では数ターンで全滅に追い込まれます。
戦闘に突入すると、流れる楽曲は『ファイナルファンタジーIV』のボス戦闘曲「バトル2」(FF4 BGM)。当時スクウェア(現スクウェア・エニックス)と任天堂が共同開発した本作ならではの豪華なクロスオーバー演出であり、現在もゲーム史に残る屈指の神演出として語り継がれています。
なお、ジーノのアクションコマンド成功時に「9999ダメージ」を叩き出す必殺技ジーノカッターですが、クリスタラー本体および4体のクリスタルには一切通用しません(ダメージが大幅に抑えられます)。本作のボスクラスや裏ボスには即死・固定9999ダメージ無効化の耐性が設定されているため、地道に弱点を突いて削っていく正攻法が求められます。