箱根海賊船の航路は、芦ノ湖の北端に位置する「桃源台港」と、南端に位置する「元箱根港」「箱根町港」を結ぶ三角形のルートで運航されています。
片道の所要時間は、桃源台港〜箱根町港が約25分、箱根町港〜元箱根港が約10分、元箱根港〜桃源台港が約35分です。港を降りずにそのまま1周する周遊コースを選んだ場合は、約70分の優雅なクルージングを楽しめます。
各港の特徴として、桃源台港は箱根ロープウェイと直結しており大涌谷方面へのアクセス拠点となります。元箱根港は箱根神社の「平和の鳥居」や立ち並ぶ飲食店に近く、箱根町港は「箱根関所」や恩賜箱根公園の散策に最適です。日中の運航間隔は約30〜40分間隔が基本ですが、季節や天候によって最終便の時刻が大きく繰り上がるため、当日の時刻表確認は必須です。
