1988年11月の発生当初、警視庁による初期対応は家出人の捜索願という枠組みにとどまり、事態の深刻さを見抜くことができなかった。この捜査の遅れが少女の救出を阻んだのではないかという批判は、事件発覚後に苛烈を極めた。警察組織内部でも初動捜査の教訓として長年にわたり検証が行われ、後の行方不明者捜索や少年犯罪に対する危機管理マニュアルの抜本的改定へとつながった。
一方、東京地方裁判所で開かれた公判では、少年たちの残酷な手口と反省の色の薄さが法廷内を凍りつかせた。弁護側は少年期の家庭環境や精神的未熟さを訴えたものの、検察側が提示した証拠や凄惨な実態は法廷に強い衝撃を与えた。審理を重ねるごとに明らかになった凶行の過酷さは、当時の裁判官や裁判関係者にとっても拭いがたいトラウマを残すものとなり、日本の刑事司法における量刑判断基準に大きな課題を提起した。
