初めて魚勝を訪れる人が最も戸惑いやすいのが、入店から退店までの独自の利用フローです。
一般的な飲食店のように「席についてからメニューを見て店員に注文する」形式ではありません。魚勝では、【入店 ➜ 受付レジで先に全メニューを注文・会計 ➜ 番号札を受け取る ➜ 広大な座敷から自由に空席を探して着席 ➜ 料理が運ばれてくる】という先払いシステムを採用しています。追加注文をする際も再度レジに並ぶ必要があるため、最初の会計時に食べたい料理をすべてまとめて注文するのが鉄則です。
また、予約方法に関しても注意が必要です。一般的な食事利用での事前席予約は原則受け付けておらず、当日の先着順受付となります（法事や団体宴会等を除く）。そのため、訪問タイミングが混雑度を大きく左右します。
混雑状況と待ち時間の傾向として、土日祝日の昼時（11:30〜13:30）は数十組待ちになることが珍しくありません。特に、近隣の千代保稲荷神社の「月並祭（つきなみさい）」（毎月末日から翌日1日）や、ゴールデンウィーク、お盆、秋の行楽シーズンは、2時間以上の待ち時間が発生することもあります。
