素粒子物理学の実験と並び、この拠点を支える重要な軸が「フォトンファクトリー（放射光実験施設）」だ。加速器から発生する強力な放射光を利用し、物質の原子レベル・分子レベルでの動態をリアルタイムで観察する。創薬研究から新素材の開発、次世代半導体の特性評価に至るまで、量子力学の知見が実社会の技術革新へダイレクトに接続されている。
さらに、茨城県東海村に位置する「J-PARC（大強度陽子加速器施設）」との連携も強力だ。大強度陽子ビームを用いて創出されるニュートリノや中性子を活用し、素粒子実験と物質・生命科学実験の双方で相乗効果を生み出している。つくばと東海村を結ぶ研究ネットワークは、日本の科学技術の層の厚さを象徴している。
