医療費控除の対象となる費用の範囲についても正確な理解が求められる。病院への通院にかかった電車代やバス代などの交通費は対象に含まれるが、自家用車のガソリン代や駐車場代は対象外となる。また、美容整形や疲労回復目的のサプリメント購入費も認められない。
生命保険の入院給付金や、健康保険から支給される高額療養費を受け取った場合は、支払った医療費の総額からその給付額を差し引いて計算しなければならない。申告内容に不備があると、後から税務署より指摘を受けて追加課税や手続きのやり直しが発生するため、集計時の相殺漏れには細心の注意が必要だ。