重大事故ゼロの記録を維持しているピーチですが、過去には国土交通省や運輸安全委員会から「重大インシデント」として認定された事例が存在します。その中でも広く知られているのが、2014年4月28日に発生した新石垣空港付近での事案（通称：石垣島インシデント）です。
那覇発石垣行きのピーチ機が視界不良の中で着陸進入中、地上からの指示を誤認したことなどが重なり、空港手前の海面に向かって規定高度を下回る高度降下を行いました。機内の対地接近警報装置（EGPWS）が作動したことでパイロットが急上昇を行い、海面への接触は回避され負傷者も出ませんでしたが、一歩間違えれば大惨事につながりかねない事態として航空事故調査の対象となりました。
運輸安全委員会による調査報告書では、悪天候下でのパイロット間のコミュニケーション不足や計器進入手順の誤認が指摘されました。ピーチはこのトラブル経緯を重く受け止め、フライトシミュレーターを用いた訓練プログラムの全面改訂、パイロットの資格確認体制の刷新、再発防止策の徹底を実行しました。
また、機材のマイナートラブルによる引き返しや予防的な緊急着陸、あるいは2026年に発生した乗客の安全阻害行為（マスク着用拒否に伴う臨時着陸）といった運航トラブルも報じられていますが、いずれも乗務員の手順通りの判断によって安全が確保されています。
