終戦後、米海軍に拿捕された伊400と伊401は、真珠湾（ハワイ）へと回航されました。巨大な艦容を目撃した米軍関係者は度肝を抜かれ、当時の米海軍技術将校たちは「信じがたい技術的怪物」「米国の潜水艦設計思想を10年先取りしている」と驚嘆したと公式記録に記されています。
米海軍は真珠湾のドックで数ヶ月にわたり、伊400型の船体構造、油圧カタパルトシステム、ディーゼルエンジン、格納筒の水密技術を徹底的に分解・調査しました。この調査で得られた「大型水密格納筒から飛翔体を射出する」という発想は、後に米軍が開発したレギュラス巡航ミサイル搭載潜水艦や、現代の戦略ミサイル原子力潜水艦（SSBN）の垂直発射システム（VLS）の基礎概念に極めて大きな影響を与えたと軍事史家から指摘されています。
では、なぜこれほど貴重な艦を米軍は保存せず、1946年6月にハワイ沖で急遽沈没させたのでしょうか。ネット上では様々な陰謀論も囁かれますが、防衛史料および米公文書が示す真の理由は「ソビエト連邦（ソ連）への機密技術流出防止」にありました。
当時、米ソ冷戦の火種が急速に激化していました。四カ国共同管理協定に基づき、ソ連側調査団は日本海軍の最新兵器である伊400型の共同調査と現物引き渡しを強硬に要求してきました。ソ連にこの超長距離潜航技術や航空運用ノウハウが渡れば、米本土防衛にとって致命的な脅威になると判断した米軍首脳部は、ソ連の視察団が到着する直前、1946年6月4日にハワイ・オアフ島沖で米潜水艦「トランペットフィッシュ」から魚雷を撃ち込み、伊400を極秘裏に海底深くへと葬り去ったのです。沈没位置の座標すら長年秘匿され、その最期は長らく歴史の闇に包まれていました。
