現在の落ち着いた佇まいからは想像しにくいが、この地は北海道の鉄路の歴史において極めて重要な役割を果たしてきた。北海道旅客鉄道株式会社(JR北海道)が運営するJR函館本線の前身、官営幌内鉄道が開通した1880年(明治13年)、この駅は「開拓使弁天島仮乗降場」として産声を上げた。その後、「量徳寺」「住吉」と名称を変え、1920年(大正9年)に現在の名称へと改称された経緯を持つ。
かつては港からの海産物や石炭、生活資材を全国へ運ぶ物流の要衝として、昼夜を問わず蒸気機関車が行き交っていた。ホームから見上げる立体的な地形や線の残り香は、北海道の近代化を支えたインフラの重みを物語っている。